O programa de monitorização implementado para as águas de transição (monitorização de vigilância, uma vez que nenhuma das massas de água se encontra em risco) consiste na monitorização do Estuário do Tejo. Este programa inclui a monitorização de vários elementos de qualidade biológica (fitoplâncton, macroinvertebrados bentónicos e macroalgas), elementos de qualidade físico-químicos (parâmetros físico-químicos gerais e nutrientes), elementos do estado químico e poluentes específicos. São ainda monitorizados os sedimentos através da determinação de elementos de qualidade hidromorfológicos (composição granulométrica), metais e compostos orgânicos (e.g. PCBs, PAHs). Esta monitorização teve inicio no último trimestre de 2009 e vai manter-se no ano de 2010.
